第二部以二上刚的原作《暗河》（讲谈社文库）为基础，讲述了《黑玫瑰》中神木恭子和折原圭作的活动。在警察事务部工作并负责文件的神木（坎地亚饰）偶然来到了一位老人的非自然尸体被发现的现场。职业验尸官试图将死亡视为疾病，但怀疑谋杀的神木并不相信。另一方面，与神木同属警察局的刑事课课长织原（岸谷饰）也遇到了类似的案件。许久初次见面，两人在寻找每起案件的共同点的同时，也踏入了警察内心的黑暗。神木对一位无亲无故的老人的非正常死亡感到不协调，这种感觉蔓延成一起震惊警察组织的巨大犯罪……前警官二上刚将再次将观众带入现实而惊心动魄的刑事调查世界。

在川崎青空警察署刑事一课强行犯搜查系担任巡查部长的黑井玛雅（多部未华子饰），是一个办案手段极其干练，但同时又是一个热衷于摧残倾轧犯罪分子的“抖S刑警”。这种特立独行且专横跋扈的办案风格虽然对嫌疑人有着极大的震慑，却也难免遭到同侪的腹诽和指摘。因一通神秘的报警电话，在晴空警署下辖派出所担任巡警的代官山修介（大仓忠义饰）得到黑井的赏识，随后被强行调到了强行犯搜查系。看起来平步青云，然而对于代官山来说却未尝不是一段苦难历程的开始。这对性格有着天壤之别的搭档，由此踏上了波折多多的探案之路……本片根据七尾与史的推理系列小说改编。