令人感到十分讽刺的是，假面骑士灭亡迅雷再次成为了人类的敌人。哉亚日本公司发生了大规模爆炸事件，而罪魁祸首竟然是灭亡迅雷站？面对新闻发布会上记者的质问，刃唯阿表示暂不做任何回应。上级也在不断施压，假面骑士巴尔坎（不破谏）与假面骑士瓦尔基里（刃唯阿）不得不做出抉择。理解人类和修码吉亚两方立场的不破谏与刃唯阿，都有各自的坚持，是为了守护所有生命而战？还是为了自己的规则而战？他们与假面骑士灭亡迅雷之间的战斗究竟结果如何——！？

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　‘如果神用六天创造出了世界，我将在六十分钟内破坏殆尽，创造出乐园’　　突如其来现身的谜之男子伊斯 / 假面骑士Eden，与信仰他的一亿名信徒一起，于世界各地引发多起恐怖行动。当人们接连崩溃倒下，世界处于大混乱之中，为了阻止埃斯而站出来的飞电或人、不破谏、刃唯阿、天津垓，以及灭亡迅雷.net的迅、灭等人，作为假面骑士在与敌人战斗时奋力追查真相。　　到底，拥有压倒性强大力量的伊斯真面目到底是。伊斯试图创造乐园，又到底有什么意图？

假面骑士01外传 假面骑士巴尔坎 瓦尔基里